Apie 1550-sius metus Kaune pradėta skelbti ir laikytis nepakeisto Augsburgo tikėjimo išpažinimo rašto tiesų. Parapija įkurta 1558 metais, o klebono tarnybai įvedamas kunigas Zommer. Jis tarnavo iki 1570 metų. Pamaldos vyko pirmojoje evangelikų liuteronų bažnyčioje prie Rotušės aikštės netoli Maironio namo, kuri didžiojo gaisro metu sudegė.

1682 Viešpaties metais, rugsėjo 22 dieną, padedamas kertinis naujosios bažnyčios akmuo ir nuo 1683 metų pamaldos vyksta per Kalėdas pašventintoje Šventosios Trejybės bažnyčioje. Pirmasis jos kunigas Rüdel tarnauja iki 1704 metų. Tarnaujant kunigui Laudien, švenčiamas Reformacijos 200 metų jubiliejus. Kunigas Andreae atverčia pirmąjį parapijos vaikų konfirmacijos puslapį. 1782 metais, tarnaujant kunigui Hickmann, įkuriama parapijinė mokykla, kurią lanko 16 mokinių. 1851 metais pastatomi vargonai, o 1855 metais Karmelituose įkuriamos kapinaitės. 1860-1862 metais pastatomas bažnyčios bokštas ir nauja klebonija. Po 1927 iki 1940 metų tarnauja kunigas Višeropas, nuo 1940 iki 1941 metų kunigas J. Pauperas. 1947 – 1953 metais tarnavo kunigai J. V. Kalvanas, J. Gavenia. 1953 03 30 Palmių sekmadienio pamaldos, kuriose 85 parapijiečiai priėjo Šventosios Vakarienės, tapo paskutinėmis bažnyčioje. Bažnyčia nacionalizuojama ir per du dešimtmečius visiškai suniokojama. Dingsta virš altoriaus buvusi statulėlė, paveikslai buvę altoriaus rombe ir centrinėje dalyje, griaunami vargonai ir galiausiai nuimamas kryžius nuo bažnyčios stogo.

Parapija savo bažnyčia negalėjo naudotis 36 metus iki 1989.IV.30 dienos

1988 metų rugsėjo mėnesį liuteronai susirinko kauniečių Rotkių bute. Atšvęstos Kauno parapijos įkūrimo 430-sios metinės. Pamaldas laikė vyskupas J. V. Kalvanas. Tų pačių metų spalio mėnesį pamaldos, kurias laikė kunigas J.Okas, įvyko Martos Keblerytės – Zenonaitienės bute. Po pamaldų įvyko susirinkimas, išrinkta pirmoji pokario metų Kauno evvangelikų liuteronų parapijos taryba. Kauno miesto valdžia 1988 metų lapkričio 28 dieną pripažino parapijos veiklą.
 1989.IV.30 penktąjį sekmadienį po Šventų Velykų, įvyko pirmosios atkurtos parapijos pamaldos bažnyčioje. Jas pravedė Lietuvos evangelikų liuteronų vyskupas J. V. Kalvanas ir Šiaulių parapijos kunigas diakonas M. Bekeris.

Bažnyčia ir zakristija parapijos nuosavybėn sugrįžo tik 1992 spalio 8 dieną.
Pirmuoju atkurtos parapijos klebonu tampa kunigas Jonas Kalvanas.